Karanténa může být nařízena jak zdravému zaměstnanci (z preventivních důvodů), tak i zaměstnanci, který již infekční nemocí onemocněl nebo má její příznaky. Příslušným dokladem je „Potvrzení o nařízení karantény“, vystavované i formou eNeschopenky. Zaměstnavatel je informován o karanténě svého zaměstnance prostřednictvím ČSSZ, obdobně jako u neschopenky. Rovněž se předpokládá, že i zaměstnanec bude o této překážce v práci na jeho straně zaměstnavatele informovat.
Při karanténě nařízené podle zákona č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů, náleží zaměstnanci náhrada mzdy nebo platu ve výši 60 % průměrného výdělku po dobu prvních 14 dnů karantény a od 15. dne čerpá zaměstnanec nemocenskou dávku. Avšak kdyby se jednalo o individuální opatření zaměstnavatele, vedoucí k izolaci zaměstnance, tedy by nešlo o nařízenou karanténu, pak bude tato doba posuzována jako překážka v práci na straně zaměstnavatele, a zaměstnanci náleží náhrada mzdy nebo platu ve výši 100 % průměrného výdělku.
Karanténa nařízená podle zákona č. 258/2000 Sb. ovlivňuje stanovení vyměřovacího základu zaměstnance stejně jako například nemoc. Ve zdravotním pojištění se jedná o skutečnost snižující při platbě pojistného zaměstnavatelem minimální vyměřovací základ zaměstnance na poměrnou část podle § 3 odst. 9 písm. b) zákona č. 592/1992 Sb., o pojistném na veřejné zdravotní pojištění, v přímé vazbě na důležité osobní překážky v práci na straně zaměstnance podle § 191 zákona č. 262/2006 Sb., zákoník prác